Hernaniko Kirol Kluba 1940ko hamarkadaren hasieran sortu zen. Hasieran, egitura estu edo gutxiago antolatzen zuten atletismo eta bolatokien atalak ziren. Pixkanaka, futbola herriko lekua ere bihurtu zen. Urte haietan, jada abandonatuta zegoen hilerria zaharra, gaur egun Txantxilla auzoan zegoen kokatuta zegoen eta herriko kuadrilla gazteek lur hauek aprobetxatu zituzten txapelketak antolatzeko benetako futbol zelaia bihurtu aurretik. Langileek ordezkatutako herriko enpresetako taldeek, esaterako Zikuñaga eta Papelera del Norte bezalako taldeek ere parte hartu zuten. Txapelketa herrikoi hauetatik jokalari batzuk maizago biltzen hasi ziren eta horrela CD Hernaniko lehen futbol taldea sortu zen.

1951an Txantxillako zelaiak baldintzatu ziren eta Txantxilla futbol zelai historikoa sortu zen. Urte askotan zehar probintziako ikastaro onena eta ezagunenetakoa izan zen; Partiduko egunetan, hernaniarrek zelaia jendez lepo zegoen, bertakoek geldialdia egin eta bisitariak presionatuz. Garai ona zen CD Hernanirentzat, beti talde lehiakor batekin eta horrela, 1955ean Hirugarren Mailara igotzea lortu zuen. Urte askotan, Hirugarren eta Preferred txandakatu zituen, baina 1991n orain arte lortu zuen arrakasta handiena: Bigarren B Mailara igotzea.

Bi urte eman zituen kategorian, talde bikainen aurka jokatzen. Bi urte historiko izan ziren, baina 1993an gainbehera amaitu zen eta etapa zoragarria itxi egin zen. XX. Mendearen bigarren erdialdeko lorpenak esker, CD Hernani historia luzea duen taldea bilakatu zen eta, beraz, kluba da ezaguna eta errespetatua Gipuzkoan eta baita Euskal Herrian ere.

1991n CD Hernani Txantxillatik Zubipira joan zen. Karabel auzoan kokatuta dago, ikastaroa Gipuzkoako handiena eta ikusgarrienetakoa da, belar artifizialarekin (belar naturala baino lehenago), 600 lagunentzako lekua du eta 2015-2016 denboraldian partiduak antolatuko ditu. 15 kluben taldea. Milurtekoaren bueltan taldea Hirugarren Mailatik jaitsi da eta gaur egun Gipuzkoako futboleko kategoria gorenean lehiatu da: Ohorezko Erregional Mailan. Beti ere hirugarren mailara igotzeko borrokan, 2010-2011 denboraldian, azken jardunaldian Arrasaten 0-3ko garaipenari esker, titulua lortu zuen eta orain arte kategoria horretako azken promozioa lortu zuen, baina, Zoritxarrez, denboraldi bat bakarrik iraun zuen Erregional Ohorezko Mailara itzuli aurretik. Azken urteetan taldeak hirugarren mailan igotzeko eta finkatzeko borrokan jarraitzen du, baina, lehen taldeaz haratago, klubak ez du hazten gelditu eta eboluzionatzen. Alde batetik, 2015eko martxoan, Ricardo Ramos presidenteak 45 urte baino gehiago egin zituen bere klubean, bere lehendakaria izan zen. Futbol taldeak Ricardoren garaian lortu zituen lorpenik handienak klubean izan ziren, eta horregatik, beti oso pertsona maitatua eta maitatua izango da Zubipean. Astean behin etortzen jarraitzen du klubeko neska-mutilak animatzera.

Bestalde, emakumezkoen futbolak klubaren bilakaeraren zati handi bat hartzen du XXI mendean. 2000ko hamarkadaren hasieran, klubaren lehen emakumezkoen futbol taldea sortu zen eta urte askotan futbolean aritzen ziren hernaniarrek egin zuten han. Urte zailak izan ziren emakumezkoen futbolerako, indar gutxirekin eta gaur egun dituen antolakuntzarik edo baliabiderik gabe. Pixkanaka futbolaren atal femeninoa gero eta handiagoa da eta futbol maskulinoaren erreperkziorik ez duen arren, gero eta gehiago dira Zubipera etortzen diren neska-mutilak klubeko talde desberdinetan jokatzera. Lehenengo urteetan eskerrak Markos eta konpainiaren lanetara, baina batez ere, Ion Zabaletaren sarrerarekin (gero gizonezkoen lehen taldeko entrenatzailea) eta bere proiektu eta konpromisoari esker, emakumezkoen futbola neurrigabeki hazi da. Gaur egun, klubak emakumezkoen taldeak ditu, junior mailatik senior mailara. Ia 100 neskek futbolean jokatzen dute eta 2012az geroztik lehenengo taldeak emakumezkoen Euskal Ligan jokatu du, Euskal Herriko kategoriarik altuena. 2015eko maiatzean, Martxelo Ezpondak zuzentzen zuen zuzendaritza klubak hartu zuen eta, horrela, emakumezkoen eta gizonezkoen futbola gehituz, CD Hernanik 16 talde ditu bere futbol atalean: gizonezko aleatzailea, 4 infantil talde, 3 kadete; 4 gazte eta senior 4 talde, Futbol Eskola gain. Guztira, 500 jokalarik baino gehiagok osatzen dute atala, zentzu horretan, Gipuzkoako klub handienetako bat izanik.